Comment lire les chiffres : Fait = un constat de la recherche ou de la biologie
Dans le corps humain
Selon les estimations actuelles, le corps compte à peu près autant de bactéries que de cellules humaines, la plupart vivant dans le gros intestin. Vous favorisez la diversité du microbiote par une alimentation végétale variée, riche en fibres, et des aliments fermentés.
Dans l'intestin
Une grande partie des cellules immunitaires se trouve dans la muqueuse intestinale, où elle distingue en permanence aliments, microbes utiles et menaces ; la part citée est une estimation. Soutenez votre intestin avec des fibres, assez de sommeil et en évitant les antibiotiques inutiles.
Produite dans l'intestin
La grande majorité de la sérotonine est produite dans l'intestin, où elle règle le transit ; le cerveau fabrique cependant la sienne et celle de l'intestin ne l'atteint pas. Le microbiote influe sur l'humeur plutôt indirectement : une alimentation riche en fibres est donc un bon investissement pour le moral aussi.
Le microbiote humain compte environ 38 000 milliards de micro-organismes — bactéries, archées, virus et champignons — qui vivent principalement dans le côlon. Leur génome (le microbiome) contient 200 fois plus de gènes que le génome humain. Ce ne sont pas des hôtes passifs — ce sont des partenaires métaboliques actifs.
On appelle dysbiose un déséquilibre du microbiome — une baisse de la diversité, une prolifération de bactéries pathogènes ou la perte de souches clés. Elle est associée à l'obésité, à la dépression, à l'auto-immunité, au SII, au SIBO, aux allergies et à un risque accru de cancer colorectal.
Le microbiome — les bases
Les phylums clés : les Firmicutes et les Bacteroidetes constituent environ 90 % du microbiote intestinal. Le rapport Firmicutes:Bacteroidetes est augmenté en cas d'obésité. Akkermansia muciniphila protège la barrière intestinale et est corrélée à la longévité. Lactobacillus et Bifidobacterium produisent du lactate et des AGCC (acides gras à chaîne courte — butyrate, propionate, acétate), qui sont le carburant principal des entérocytes et ont des effets anti-inflammatoires.
L'axe intestin-cerveau (Gut-Brain Axis)
L'intestin communique avec le cerveau via le nerf vague, des signaux immunitaires et des métabolites neuroactifs. 95 % de la sérotonine est produite dans l'intestin. Les bactéries intestinales produisent du GABA, des précurseurs de la dopamine et des acides gras à chaîne courte qui influencent la neuroinflammation. La dysbiose est associée à la dépression, à l'anxiété, à l'autisme et à la maladie de Parkinson (l'alpha-synucléine apparaît dans l'intestin des années avant le cerveau).
Ce qui détruit le microbiome
Les antibiotiques (une seule cure modifie le microbiome pendant des mois, voire des années). Les aliments ultra-transformés — pauvres en fibres, avec des émulsifiants (polysorbate 80, carboxyméthylcellulose) qui endommagent la couche de mucus. L'eau chlorée (elle désinfecte aussi les bactéries intestinales). Le stress chronique augmente la perméabilité intestinale. Les AINS, les inhibiteurs de la pompe à protons, les corticoïdes. Le glyphosate (herbicide) est un agent antimicrobien.
Comment restaurer la diversité microbienne
Objectif : plus de 30 végétaux différents par semaine (étude American Gut Project). Aliments fermentés : yaourt, kéfir, kimchi, kombucha, miso — sources de cultures vivantes et de prébiotiques. Fibres prébiotiques : inuline (oignon, ail, artichaut), FOS, pectine, amidon résistant (riz et pommes de terre refroidis). La spermidine et les polyphénols nourrissent sélectivement les bactéries bénéfiques. Après une cure d'antibiotiques : Saccharomyces boulardii (une levure, pas une bactérie — elle survit aux antibiotiques) + Lactobacillus rhamnosus GG.
